Deco chính thức bắt đầu sự nghiệp cầu thủ ở của mình ở Nacional, một câu lạc bộ nhỏ thuộc thành phố Sao Paulo vào năm 1995. Hai năm sau, anh chuyển sang thi đấu cho Corinthians, và giúp câu lạc bộ của Sao Paulo này giành danh hiệu vô địch giải U20 quốc gia Brasil. Tuy vậy khi lên đẳng cấp chuyên nghiệp, anh có biểu hiện quá non nớt và sớm bị chuyển sang Corinthians Alagoano. Tại đây anh thể hiện tốt và dần được các câu lạc bộ châu Âu chú ý.

Deco sang Bồ Đào Nha vào năm 1997 ở tuổi 19 cùng với bạn là cầu thủ Caju người Brasil, sau lời mời sang Lisbon gia nhập SL Benfica[2]. Bất chấp thể hiện tốt của anh khi tập luyện, Benfica không để anh đá trận nào mà còn đưa cho FC Alverca mượn một mùa giải. Deco chơi xuất sắc, anh đề nghị ký một hợp đồng mới với Benfica và chơi ở đội hình chính. Tuy nhiên, câu lạc bộ của Lisbon và đại diện của Deco đã không đạt được thỏa thuận; người chủ tịch đương nhậm là Graeme Souness chưa tin tưởng mấy vào khả năng của anh. Sau đó Deco đã phải sang, S.C. Salgueiros, một câu lạc bộ bé bỏng ở Porto chơi hết mùa bóng 98-99. Tại đây anh chơi 12 trận và ghi 2 bàn. Sự thể hiện tốt giúp Deco lọt vào mắt xanh của ban lãnh đạo FC Porto, và tại kỳ chuyển nhượng mùa đông năm đó, anh trở thành người của Porto.

Porto

Thời gian đầu tại Porto, trải qua một sự huấn luyện nghiêm khắc của Jose Mourinho, anh dần trở thành một người kiến tạo bóng tốt và được người hâm mộ ở Porto đặt cho biệt danh "Magico" ("nhà ảo thuật") vì khả năng xử lý bóng của mình. Anh được biết tới như là một cầu thủ có thiên chất, cần mẫn cả trong vai trò công lẫn thủ, nhưng có lối chơi rất rắn. Những điều đó đã mang lại cho anh đủ cả, vừa có nhiều đường chuyền quyết định, vừa có nhiều bàn thắng và vừa có nhiều thẻ phạt. Deco cũng có những tính khí thất thường khiến ban lãnh đạo Porto nhiều khi không bằng lòng. Tuy nhiên, anh vẫn là cầu thủ chủ chốt của đội trong những chiến dịch thành công đầu những năm 2000.

Dưới sự chỉ đạo của José Mourinho, Deco trở thành người dẫn dắt lối chơi của Porto. Vào mùa bóng 2002-03, anh thực sự tỏa sáng khi ghi 10 bàn sau 30 trận đấu (cũng cần kể thêm 17 thẻ vàng và 1 thẻ đỏ). Năm đó anh là nhân vật chính yếu tại trận chung kết UEFA Cup 2002-03 khi Porto đả bại Celtic 3-2.

Barcelona

Vào 17 tháng 6 năm 2004, Deco phát biểu trên một đài phát thanh tiếng Bồ rằng anh sắp gia nhập đội bóng Anh Chelsea (lúc ấy được dẫn dắt bởi Mourinho) sau Euro 2004. Mọi chuyện ngỡ là sắp xong xuôi khi anh bảo 2 bên đã thỏa thuận, và chỉ cần trải qua một cuộc kiểm tra thể lực là anh sẽ ký được hợp đồng với Chelsea.

Song, đến ngày 26 tháng 6 2004 anh lại nói trên O Jogo, một nhật báo tiếng Bồ Đào Nha rằng anh sẽ sang Barcelona hơn là theo Mourinho tới Chelsea. Vài ngày sau anh gia nhập Barcelona với giá chuyển nhượng 12 triệu Euro và tiền vệ Ricardo Quaresma của Barcelona sẽ sang Porto như một khoản trong hợp đồng. Theo đó Deco sẽ là người của Barcelona cho đến 6 tháng 6 2004.

Tại Barcelona, một vài ý kiến cho rằng Deco sẽ bị Ronaldinho che khuất. Ban đầu các cổ động viên đón nhật sự kiện này với ánh mắt lo ngại, vì vị trí tiền vệ công sở trường của Deco lại là nơi mà Ronaldinho đang thực hiện nhiệm vụ của mình rất tốt. Nhưng huấn luyện viên Frank Rijkaard đã giải quyết được việc này, ông để Deco chơi như một tiền vệ trung tâm, nơi mà những phẩm chất điều khiển trận đấu, năng lực phòng ngự nơi anh sẽ phát huy hiệu quả. Vào Tháng 12 năm 2004, Deco về thứ 2 trong cuộc bầu chọn Quả bóng vàng châu Âu 2004 của France Football, sau Andriy Shevchenko và hơn đồng đội Ronaldinho 6 phiếu bầu.

Vào ngày 14 tháng 5 2005, Deco chơi trong trận đấu hòa với Levante UD, giúp Barcelona đạt được chức vô địch La Liga lần thứ 17 của họ.

Deco đã ghi 2 bàn trong 1 trận đấu ở Siêu cúp Tây Ban Nha mùa bóng 06-07, giúp Barca chiến thắng.[3] Anh được trao danh hiệu Tiền vệ xuất sắc nhất châu Âu một lần nữa với những thể hiện tại mùa bóng 2005, khi mà Barcelona vô địch Champions League, chức vô địch này cũng đưa anh vào danh sách hiếm hoi những cầu thủ đạt được chức vô địch châu Âu với 2 câu lạc bộ (lần trước là với Porto). Những người còn lại trong danh sách này là Clarence Seedorf (Ajax và AC Milan), Marcel Desailly (Marseille và AC Milan), Cristiano Ronaldo, Frank Rijkaard (AC Milan và Ajax) và Didier Deschamps (Marseille và Juventus). Kết thúc mùa giải, anh được nhận danh hiệu Quả bóng vàng tại FIFA Club World Cup và là Cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu chung kết mà Barcelona đã để thua Internacional.[4]

Mùa giải 2007/2008, anh liên tục bị chấn thương hành hạ đã để mất vị trí chính thức vào tay tiền vệ trẻ Iniesta. Không chỉ có vậy, khi huấn luyện viên Frank Rijkaard bị sa thải, Deco cũng không còn được đảm bảo vị trí chính thức dưới thời tân huấn luyện viên trưởng Barcelona, Pep Guardiola.

Không được Barcelona trọng dụng nhưng tài năng của Deco vẫn được các câu lạc bộ khác đánh giá rất cao và điều đó được thể hiện qua việc huấn luyện viên Felipe Scolari trao cho anh vai trò tổ chức trong đội tuyển Bồ Đào Nha tại Euro 2008 và ngay sau khi chuyển sang dẫn dắt Chelsea, ông đã nhanh chóng thúc giục chủ tịch Roman Abramovich mua bằng được tiền vệ dẫn dắt lối chơi này.

Chelsea FC

Ngày 30 tháng 6 2008, hợp đồng chuyển nhượng của Deco với Chelsea đã hoàn tất. Bản hợp đồng này sẽ có thời han 3 năm và giá chuyển nhượng mà Chelsea phải bỏ ra để có được anh là 8,3 triệu bảng Anh (khoảng 17 triệu USD). Deco là bản hợp đồng đầu tiên của Chelsea dưới triều đại của tân huấn luyện viên trưởng Luiz Felipe Scolari và là bản hợp đồng thứ hai của đội bóng thành London trong kỳ chuyển nhượng mùa hè năm nay. Trước Deco, một tuyển thủ Bồ Đào Nha khác là hậu vệ Jose Bosingwa cũng đã gia nhập sân Stamford Bridge với hợp đồng trị giá 16,2 triệu bảng Anh từ FC Porto.[5]